Hola Carolina,
Me parece que las dos opciones son correctas. Sólo basándome en la forma en la que se oye, con "ya" parece tener más énfasis, pero sin duda se usan las dos formas y me parece que las dos son válidas.
Buena suerte y saludos del Oso ¶:^)

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Note added at 2005-06-08 19:47:35 (GMT)
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ya
1. adv. t. Denota el tiempo pasado. Ya hemos hablado de esto más de una vez.
3. adv. t. En el tiempo presente, haciendo relación al pasado. Era muy rico, pero ya es pobre.
DRAE©

En tu frase, yo quitaría el \"por\" de los tres meses en la cárcel, y también cambiaría \"lo pusieron intrigado\" además de \"los\" en vez de \"lo\" y \"había\" en vez de \"ha\" es decir:

\"Desde que estuvo tres meses en la cárcel, Cándido (ya) no trabajó más, pero esos paquetes le intrigaron y Cándido decidió descubrir quién se los había podido enviar.\"

Disculpa por meterme a cambiar algo que no pediste. ¶:^) (es la maña) ¶;^)