Igor Andreev Mar 31, 2019:

Написал свой ответ.
Критикуйте)

Igor Andreev Mar 31, 2019:

Да, это доля образцов с определенными свойствами в выборке образцов, но если посмотреть с другой стороны (при достаточно большой выборке), то это - вероятность встречи в данной выборке образца с такими свойствами.

В любом количестве - имел в виду, что они не оценивают количественное содержание OTU, а считают по принципу 0/1 - нет/есть

Natalie Mar 31, 2019:

Proportion - это не вероятность, proportion - это доля.

Igor Andreev Mar 31, 2019:

Все новое - хорошо забытое старое. Взяли статистический показатель, использовали для своих целей, назвали соответственно ситуации. Я не предлагаю называть его вероятностной мерой Иверсена)
Посмотрите, пожалуйста, формулы, с учетом того, что We refer to this value as the OTU representation index (“ri”) and calculated it for each
group, R (riR) and NR (riNR), as the proportion of samples that have non-zero abundance of the OTU.
А proportion - это та же вероятность обнаружения образца с данной OTU в любом количестве.
Извините, что отвлекаю не по делу. Толкового пока придумать ничего не могу.

Natalie Mar 31, 2019:

Ничего подобного, Иверсен совершенно ни при чем, это было давно. См. http://science.sciencemag.org/content/sci/suppl/2017/11/01/s... - а это работа 2017 г., и там четко написано:
Enrichment Index to visualize differences in oral and gut microbiota between R and NR
To generate the heatmap we introduced a new parameter, the OTU enrichment index, “ei.”

Igor Andreev Mar 31, 2019:

не могу, не хватает фантазии )
Мне кажется, под вечер уже плохо голова работает с математикой, что это мера Иверсена - см. почти в конце: https://ru.wikipedia.org/wiki/Коэффициент_Жаккара, что впрочем не снимает вопроса

Natalie Mar 31, 2019:

Игорь, вы бы лучше просто написали ответ :-)

Igor Andreev Mar 31, 2019:

Натали, почему не знаем контекста? В обоих случаях говорится об одном явлении: увеличение/уменьшение представленности определенной группы микроорганизмов (оперативной? таксономической единицы) в определенной группе образцов/в связи с какими-то внешними факторами. Они берут тотальный микробиом, сиквенируют с праймерами к бактериальной 16S рДНК и потом по родству (даже не идентифицируя в нек. случаях до вида), могут рассчитать относительное количество тех или иных OTU (в зависимости от того выбрали они вид/род/... для анализа) в конкретном образце. А дальше для двух групп образцов, как описано в приведенной Вами ссылки рассчитывают этот самый индекс на основании уже суммарных показателей для группы.
Я не за "обогащение" непосредственно, если можно придумать по-другому, но так, как Вы предлагаете, называть этот показатель тоже не верно.
По сути этот показатель позволяет оценить взаимосвязь присутствия/отсутствия определенной группы м/о с определенными факторами/условиями