Yo entiendo que las consecuencias de dichos planes afectan a distintos organismos (“sus efectos son transversales”, de forma más literal pero no tan clara)

Además, este tipo de planes afecta a los distintos organismos que promueven unas respuestas integradas, cohesivas y complementarias, y por ello pueden ajustarse/ adecuarse para que dichas respuestas se ejerzan en una misma dirección.

Una alternativa menos literal

"Además, esa planificación es habitual en las agencias que promueven...."

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Note added at 1 hora (2018-09-14 10:53:13 GMT)
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También cabría traducirlo como "es típico de las agencias que fomentan...."

Me parece que el sentido cabal de “cuts across” en el contexto en cuestión se transmite mejor con el verbo “abarcar.”

8.2 cut across
no object
Have an effect regardless of (divisions or boundaries between groups)
‘subcultures which cut across national and political boundaries’

Synonyms
transcend, go beyond, rise above

http://dle.rae.es/?id=aPU8LlU

trascender

3. intr. Dicho de los efectos de algunas cosas: Extenderse o comunicarse a otras, produciendo consecuencias.

4. intr. Estar o ir más allá de algo.

Para mí, "trascender", diccionario en mano, es ideal.

Saludos cordiales.