В русских источниках пишут так "Служба ветеринарного надзора НА гос. границе РФ и транспорте ..."
Поэтому чтобы объять все, предлагаю:
а) служба санитарного надзора на морской, сухопутной (наземной) и воздушной границе. А если они и растениями и животными занимаются, тогда добавить фито- и ветеринарный.
б) русский вариант "на транспорте" включает любой вид транспорта: и морской, и воздушный и наземный - емко и понятно.