Spanish to English Medical Medical: Health Care

This is from an article on perceived risk of pharmaceutical waste in residents' excreta in aged care facilities (the things you learn about as a translator ...)

La caracterización del recorrido percibido de los residuos y desechos procedentes de los medicamentos, desde su administración en la residencia hasta su eliminación, prestando especial atención al tratamiento de las aguas en las que se encuentran y las vías por las que transcurren.

Como se hace mención anteriormente, el recorrido comienza con la pauta médica

I know this is, in theory, simple and I hope I'm not wasting your time but I really cannot make up my mind given the rather esoteric nature of the text. I am assuming "route" , especially since it is the word used for type of administration - by mouth, etc. but I am not 100% sure.