Прибор регистрирует флуоресценцию изучаемых объектов, а с целью статистической обработки полученных данных настраивается целевой процентиль, ниже которого данные при статобработке отсекаются.

Как это выглядит, можно посмотреть в http://eprints.qut.edu.au/63534/1/Vanessa_Oakes_Thesis.pdf
См. рис. 3.4 на стр.115: там на панели А показана флуоресценция клеток, окрашенных двумя метками; панель В представляет распределение числа клеток на определенной стадии клеточного цикла по интенсивности флуоресценции и гистограмму содержания ДНК; панель С - это как раз количественное представление данных, соответствующих целевому процентилю (в данном случае выбран 95-й процентиль).

В вашем случае 25-й целевой процентиль по каждому из каналов позволяет прибору определять по уровню свечения, где находятся границы клеток и какие объекты следует учитывать, а какие нет. Вот в этой методичке для студентов http://tinyurl.com/nbtso99 доступно описано, как это делается.