"Throughgoing" es un adjectivo compuesto, formado de la preposición "through" (por (el) medio de, através de) más el participio presente del verbo "go". Quiere decir "que pasa completamente por el medio de (algo)".

En el contexto del flete ("pallets"), quiere decir que se puede enviar mercancías del punto de embarque hasta el destino, con varias escalas entre los dos extremos, sin tener que los arreglos para descargarlas y volverlas a cargar en cada uno de los puntos intermedio. O sea, la compañía se encarga de ello por uno.

Creo que en este caso se refiere a que toda la mercancía se cargue en un contenedor sellado en un extremo y no se descargue hasta llegar al destino. El único término español que me ocurre es "directo". Tal vez con la explicación arriba se te ocurra otro más adecuado.

Suerte!

"The MACRO detector has measured more than 850 upward ***throughgoing*** muons induced by neutrinos of mean energy around 50 GeV since 1989..."
http://www.copernicus.org/icrc/abstracts/ici6172.pdf