CpG oligodeoxynucleotides (or CpG ODN) are short single-stranded synthetic DNA molecules that contain a cytosine triphosphate deoxynucleotide ("C") followed by a guanine triphosphate deoxynucleotide - это верно, фосфатная группа остается у нуклеотида на 5'-конце (слева)
В обычных нуклеиновых кислотах 5'-гидроксильная группа одного нуклеозида связана с З'-гидроксильной группой другого посредством остатка фосфорной кислоты, образующей с этими группами сложноэфирные связи. Простейшими олигонуклеотидами являются динуклеозидмонофосфаты [нуклеотидил-(3' - 5')-нуклеозиды]. В молекуле аденилил-(3'- 5')-цитидина (рис. 173) два углеводных остатка неодинаковы с химической точки зрения. Тот, который принадлежит аденозину, имеет свободную 5'-гидроксильную группу, тогда как его З'-гидроксильная группа участвует в образовании фосфодиэфирной связи. Другой, принадлежащий цитидину, напротив, содержит свободную З'-гидроксильную группу, а его 5'-гидроксильная группа вовлечена в образование фосфодиэфирной связи. (с.304)
http://www.chem.msu.su/rus/books/ovchinnikov/295-442.pdf